1、從新鮮糞便標本中查到吞噬有紅細胞的滋養體，或從腸壁活檢組織中查到滋養體是本病確診的可靠依據。
2、從糞便標本中僅查到1-4個(gè)核包囊或腸腔型滋養體，應報告為溶組織內阿米巴、迪斯帕內阿米巴感染。此時(shí)即使患者有癥狀，亦不能據此得出腸阿米巴病的診斷，應根據流行病學(xué)史、血清抗體檢測、糞抗原檢測或PCR檢測證實(shí)感染蟲(chóng)株確屬溶組織內阿米巴后，診斷才能確立。否則必須尋找引起腹瀉的其他原因。
3、在有癥狀患者的血清中若能查到高滴度的阿米巴抗體，亦是本病診斷的有力證據。

1，血吸蟲(chóng)病 有疫水接觸史，肝脾大，血嗜酸性粒細胞增高，大便毛蚴孵化，直腸黏膜活檢蟲(chóng)卵及環(huán)卵沉淀試驗或循環(huán)抗原檢測等陽(yáng)性可資鑒別。
2，結腸癌 一般年齡較大，排便習慣改變并有不暢感，糞便變細且含血液，有漸進(jìn)性腹脹，肛指檢查，X線(xiàn)鋇劑，結腸鏡檢查等有助于鑒別。
3，非特異性潰瘍性結腸炎 左側痙攣性疼痛，內鏡檢查可見(jiàn)結腸黏膜廣泛充血，水腫，潰瘍多而易出血，多次病原體檢查陰性，血清免疫學(xué)試驗阿米巴抗體陰性，抗阿米巴診斷性治療無(wú)效等可作出診斷。