所有彌散性念珠菌病均應當看作是嚴重的，進(jìn)行性的并且可能是致命的。應盡可能地逆轉或控制中性粒細胞減少癥，營(yíng)養不良或不能控制的糖尿病等這些先決條件。對大多數嚴重病人，特別是免疫功能明顯受損的病人，建議兩性霉素B單獨靜脈注射或與氟胞嘧啶聯(lián)合治療。對無(wú)中性粒細胞減少癥的念珠菌血癥病人，氟康唑的治療效果與兩性霉素B相同，并且有初步資料提示，氟康唑治療伴有中性粒細胞減少的病例可能也有效。但克氏念珠菌感染對氟康唑無(wú)反應，故應當用兩性霉素B治療。其他一些念珠菌，特別是光滑念珠菌對氟康唑的敏感性低于白念珠菌。除有克氏念珠菌或其他抗氟康唑菌株高度流行的醫院外，在獲知菌種鑒定和體外藥敏試驗結果前，作為初始治療可用高劑量(600mg/d或更大劑量)氟康唑口服，或必要時(shí)靜脈注射。而在克氏念珠菌或其他氟康唑抗性株高度流行的醫院，則應當用兩性霉素B作為初始治療。但比較試驗不完善，氟康唑治療全身性念珠菌病的最佳劑量仍未確定。多數專(zhuān)家推薦用400~800mg/d(口服或有必要時(shí)靜脈注射)，特別是因為某些念珠菌對氟康唑的抗性大于白念珠菌。尤其在克氏念珠菌感染常見(jiàn)的醫院，則應當用兩性霉素B作初始治療，直至獲得體外藥敏試驗結果。其他唑類(lèi)藥物可能也有效，但沒(méi)有可供借鑒的療效對比資料。對念珠菌性心內膜炎盡管可試用氟康唑長(cháng)療程抑制性治療，但最終幾乎均需要行瓣膜更換術(shù)。
對其他類(lèi)型彌散性念珠菌病的最佳治療方案尚無(wú)對照研究資料。多數專(zhuān)家推薦兩性霉素B，但大劑量氟康唑可能具有相同的療效。目前，還未建立用于治療念珠菌性腦膜炎的標準治療方案。已有報道某些病人用兩性霉素B靜脈注射獲得成功，但很多病人需要鞘內給藥。也曾有報道氟康唑有效，常用量為400~800mg/d（口服，必要時(shí)靜脈注射）。有一些念珠菌腦膜炎病例未經(jīng)任何特效的抗真菌治療也可自動(dòng)痊愈。