男生殖系結核的治療必須包括全身治療和男生殖系的治療。全身治療與一般的結核病治療相同。男生殖系治療包括藥物治療和手術(shù)治療兩部分：
（一）藥物治療 男生殖系結核用抗結核藥治療有較好的效果。前列腺及精囊結核均可用藥物保守治療。藥物治療的方法與腎結核相同，采用以異煙肼、鏈霉素、利福平等為主的兩種或三種藥聯(lián)合應用。應用的療程一般經(jīng)驗為6～12個(gè)月。
（二）手術(shù)治療 男生殖系結核的手術(shù)治療主要解決生殖系的附睪結核。附睪結核的解決有助于生殖系其他部位結核（精囊、前列腺）的愈合。手術(shù)在附睪病變局限后施行與腎結核相同，在手術(shù)前后亦需要給抗結核藥物。
附睪切除的適應證：
1．一側附睪結核。
2．一側附睪冷膿瘍形成。
3．雙側附睪冷膿瘍形成。
4．一側附睪陰囊慢性竇道形成。
5．雙側附睪陰囊慢性竇道形成。
附睪切除時(shí)，輸精管的切端應盡量高位切斷，并移植于皮下，以免縮回，預防殘留的輸精管內結核病變在陰囊內形成結核性膿瘍。在切除附睪時(shí)，睪丸應盡量保留，如睪丸已有病變累及，則將病變部分的睪丸一起切除，以保留部分的睪丸功能；若病變已累及大部分睪丸，睪丸無(wú)法保留時(shí)，則可將睪丸一并切除。
對附睪切除時(shí)對側輸精管的處理意見(jiàn)尚不一致。對術(shù)前精液常規檢查已無(wú)精子者，以將對側輸精管結扎為宜。