1.直腸指診 在內口外有輕度壓痛，少數可捫到硬結。
2.亞甲藍染色法 將白濕紗布塞入肛管及直腸下端，通過(guò)外口向瘺管內注入亞甲藍1～2ml，然后取出肛管內紗布，根據紗布上有無(wú)亞甲藍染色及染色部位來(lái)明確瘺管的存在及內口部位。
3.探針檢查 用探針通過(guò)外口插入管道，以明確瘺管的位置及內口所在，此法一般在手術(shù)時(shí)麻醉下進(jìn)行，如操作不當或不熟悉此法可能造成假道形成
4.瘺管造影 自外口注入30%～40%碘油，X線(xiàn)攝片可觀(guān)察瘺管分布，多用于高位復雜性肛瘺及蹄鐵形肛瘺的診斷(圖6)，Yang(1993)檢查臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例，6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲AUS檢查也有膿腫表現;另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規檢查未能發(fā)現。
5.肛管超聲 對括約肌間瘺有時(shí)有確診價(jià)值，但無(wú)法確診括約肌外瘺及經(jīng)括約肌瘺。
6.MRI檢查 Lunniss報道了35例此法檢查結果，與手術(shù)結果一致率分別為：原發(fā)性肛瘺(85.7%)，繼發(fā)瘺和膿腫(91.4%)，蹄形瘺(64.3%)，瘺內口80%，從而認為MRI檢查時(shí)確診肛瘺位置有極高的準確性，臨床正確使用MRI不僅可以提高手術(shù)成功率，而且可監測復雜性肛瘺是否完全愈合。