如果細菌培養結果不能確診，本病診斷就十分困難。臨床上須與各種革蘭陰性桿菌性肺炎鑒別。銅綠假單胞菌肺炎痰呈草綠色或黃綠色，痰一般不如黃桿菌黏稠且量很大，在細菌培養時(shí)銅綠假單胞菌可產(chǎn)生特殊的氣味，菌落呈藍綠、黃綠色。芳香產(chǎn)堿桿菌所致肺炎有時(shí)與芳香黃桿菌肺炎相似，應注意區別。前者痰為灰色膿樣，臨床病情不如黃桿菌類(lèi)兇險。在有慢性纖維空洞型肺結核的患者，合并黃桿菌感染時(shí)容易誤認為結核復發(fā)，應注意反復進(jìn)行痰細菌培養，早日確定感染菌種。本病胸腔積液較常見(jiàn)，漿液性或血性胸水也應常規進(jìn)行細菌培養，陽(yáng)性檢出率很高。本病易合并敗血癥和腦膜炎。常規的血培養和腦脊液細菌培養均有助于與其他細菌感染區別。