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二代基因測序“秒揪”顱內感染源

2018-03-20 來(lái)源:醫院管理論壇報  標簽: 掌上醫生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要:二代測序是一種新型核酸測序手段,它為高通量測序,可以同時(shí)測定幾百萬(wàn)甚至上億條DNA或RNA序列,大大加快了全基因組測序的速度,也使無(wú)靶向的病原體廣泛篩查成為可能。

如果不是那場(chǎng)突發(fā)腦炎,22歲的唐山萬(wàn)航國際船務(wù)代理公司菲律賓籍船員Vicoy可能永遠想不到會(huì )和二代基因測序發(fā)生關(guān)系。

當時(shí)Vicoy在船上工作,6月2日發(fā)現自己左側胳膊和腿沒(méi)了力氣,還頭疼。
 
3日,他被送往曹妃甸區醫院。治療數天,Vicoy左側肢體癱瘓癥狀加重,又開(kāi)始發(fā)熱。8日,他被轉到唐山市的三甲醫院——華北理工大學(xué)附屬醫院。神經(jīng)內科的管床醫師毛文靜是Vicoy的主治醫生。她記得,剛來(lái)醫院時(shí),他左側肢體幾乎完全癱瘓,雙側瞳孔不等大。
 
腰穿之后,醫生看到了呈微黃色的腦脊液。“這絕對有問(wèn)題。”Vicoy腦脊液白細胞含量高,但糖含量低。“我們初步判斷這是腦膜炎引發(fā)腦組織壞死,但腦炎性質(zhì)不是很確定。”9日,憑著(zhù)臨床經(jīng)驗,醫生給Vicoy使用了抗結核藥物治療。
 
但是,還不能確診。
 
醫生用常規方法檢測結核菌,始終沒(méi)找到。“涂片染色、細菌培養,都沒(méi)用。”始作俑者一直身份不明。病人病情穩定了下來(lái),可是依然發(fā)熱。醫院神經(jīng)內科主任劉斌教授知道,重癥顱內感染病情兇險,如果遲遲無(wú)法對癥治療,病人將有生命危險。
 
得搬救兵。6月12日,劉斌聯(lián)系了北京協(xié)和醫院神經(jīng)內科教授關(guān)鴻志。他還有另一重身份。協(xié)和醫院神經(jīng)科從2014年起和華大基因研究院合作,在國內首先開(kāi)展腦脊液二代測序,用于中樞神經(jīng)系統感染性疾病的病原體篩查。關(guān)鴻志正是這個(gè)項目的負責人。
 
“腦脊液二代測序技術(shù),我們在國際上都領(lǐng)先。”8月27日,關(guān)鴻志接受科技日報記者采訪(fǎng)時(shí)說(shuō)。
 
二代測序是一種新型核酸測序手段,它為高通量測序,可以同時(shí)測定幾百萬(wàn)甚至上億條DNA或RNA序列,大大加快了全基因組測序的速度,也使無(wú)靶向的病原體廣泛篩查成為可能。傳統檢查技術(shù),是懷疑什么查什么,一種一種試;二代測序技術(shù),則是“一鍋端”,它既“廣”,也“快”。
 
關(guān)鴻志建議,用二代基因測序技術(shù)試試。6月22日下午,天津華大基因交付病原組統籌人員李媛收到了Vicoy的腦脊液樣本。二代測序技術(shù)會(huì )檢測出這份腦脊液樣本中所有核酸序列,之后與病原體基因組數據庫進(jìn)行比對和分析,從而確定感染病原體。一般來(lái)說(shuō),它需要48小時(shí)。這一例,華大基因做了加急處理。23日晚上,檢測報告出爐。
 
腦脊液中檢出了結核分支桿菌,病人患的確實(shí)是結核性腦膜炎。
 
至此,讓Vicoy發(fā)熱頭疼的“元兇”才終于露面。院方緊急加強抗結核治療。強化治療兩三天后,Vicoy的發(fā)熱癥狀減輕。
 
其實(shí),超過(guò)一半的中樞神經(jīng)感染病例都無(wú)法明確找出病因,通用方法是進(jìn)行經(jīng)驗性治療。“作為一種分子診斷手段,基因檢測為確定中樞神經(jīng)感染病原體提供了精準結果,非常有意義。”關(guān)鴻志說(shuō)。
 
不過(guò),病原體基因組數據庫還需不斷完善,做到本地化。關(guān)鴻志舉例道,在我國豬絳蟲(chóng)和曼氏裂頭蚴是較常見(jiàn)的神經(jīng)中樞系統寄生蟲(chóng)感染類(lèi)型,但是目前尚沒(méi)有這兩種寄生蟲(chóng)的全基因組數據。在獲得其全基因組數據前,只能將已知的部分基因序列加入數據庫中用于比對,這可能會(huì )降低檢測的敏感度。
 
“而且,光測沒(méi)用,還要會(huì )‘分析’。不然數據只是數據,它躺在那,沒(méi)用。”關(guān)鴻志表示,提高檢測數據的分析和解讀水平,也是助推技術(shù)臨床轉化的關(guān)鍵。
 
7月中旬,Vicoy出院。這場(chǎng)中國看病旅程,終于有驚無(wú)險,平穩結束。
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